به موجب آیین نامه فوق، کلیه دستگاه های اجرایی مکلفند اطلاعات کارکنان و پرداخت های مستقیم و مستمر و سایر پرداخت ها به تمامی آنان را در سامانه کارمند ایران (زیرسامانه های پاکنا و ثبت حقوق و مزایا) ثبت و همواره به روزرسانی نمایند.
همچنین سازمان های اداری و استخدامی کشور و برنامه و بودجه کشور و وزارت امور اقتصادی و دارایی موظف شدند اقدامات لازم را برای تبادل اطلاعات بین سامانه کارمند ایران و سامانه های جامع بودجه و خزانه داری الکترونیکی با روش تبادل اطلاعات الکترونیک (وب سرویس) به عمل آورند.
بر اساس آیین نامه مذکور، وزارت امور اقتصادی و دارایی (خزانه داری کل کشور) پرداخت مستقیم و مستمر به تمامی کارکنان دستگاه های اجرایی که از محل اعتبارات هزینه ای و از منابع عمومی و اختصاصی حقوق دریافت می نمایند را پس از دریافت درخواست وجه از دستگاه اجرایی (مطابق با اطلاعات ثبت شده توسط دستگاه اجرایی در سامانه کارمند ایران) و در سقف تخصیص اعتبار صادره توسط سازمان برنامه و بودجه کشور و پس از اطمینان از ثبت اطلاعات کارکنان در سامانه «کارمند ایران» از طریق دریافت اطلاعات به صورت تبادل اطلاعات الکترونیک (وب سرویس) با سامانه مذکور، صورت خواهد داد.